Karl V. zerschlug den Schmalkaldener Bund der Protestanten schließlich im Schmalkaldischen Krieg.
Karls Friedensschlüsse lassen ihm Raum
Kaiser Karl V. schloss nach jahrelangen Kämpfen Frieden mit seinen auswärtigen Gegnern: Er einigte sich 1544 mit Franz I. von Frankreich, dem er Burgund überließ, dafür aber Mailand erhielt. 1545 schloss Karl einen Waffenstillstand mit den Türken. So konnte er sich wieder seinem Kampf gegen die Protestanten widmen.
Karl treibt einen Keil in den Bund
Hinzu kam, dass der Schmalkaldener Bund inzwischen durch innere Konflikte an Stärke verloren hatte. Karl gelang es einen weiteren Keil in den Bund zu treiben, indem er Herzog Moritz von Sachsen auf seine Seite zog. Der lebte in ständigem Konflikt mit seinem Vetter Johann Friedrich von Sachsen. Karl versprach Moritz das Kurfürstentum Sachsen, wenn er an seiner Seite stand.
Krieg Karls gegen den Bund
So begann der Schmalkaldische Krieg. Die Truppen des Kaisers eroberten 1546 fast alle protestantischen Gebiete in Süddeutschland. Moritz überfiel Sachsen, die sich darum aus den Kämpfen im Süden zurückziehen mussten.
Schlacht bei Mühlberg und Wittenberger Kapitulation
Am 24. April 1547 besiegten die Truppen des Kaisers die Truppen des Schmalkaldischen Bundes in der Schlacht bei Mühlberg (Brandenburg). Das war das Ende des Bundes. Johann Friedrich von Sachsen geriet in Gefangenschaft. Um seine Hinrichtung abzuwenden, unterschrieb er am 19. Mai 1547 schließlich die Wittenberger Kapitulation. Damit erhielt Moritz Kursachsen. Auch Philipp von Hessen, der zweite Anführer des Schmalkadischen Bundes, gab auf.
Augsburger Interim
Karl befand sich nun auf dem Höhepunkt seiner Macht. Auf dem Reichstag zu Augsburg diktierte er 1548 das Augsburger Interim, eine Zwischenlösung (interim bedeutet "Zwischenzeit"). Den Protestanten wurden vorläufig die Priesterehe und der Laienkelch (das Trinken des Weins beim Abendmahl nicht nur für die Geistlichen, sondern für alle. Dies war eine der wichtigen Forderungen der Reformation) gewährt. Sie sollten dafür bis zum Ende des Konzils von Trient an der römisch-katholischen Lehre festhalten.
Damit waren nun aber weder Protestanten noch Katholiken zufrieden. Hinzu kam, dass der Protestantismus schon zu tief im Reich verankert war. Es kam zum Fürstenaufstand und schließlich zum Augsburger Religionsfrieden.