Cäsars Zeit als Statthalter in Gallien endete 49 v. Chr. Bei seiner Rückkehr nach Rom kam es zu Auseinandersetzungen mit Pompeius. Erst nach mehreren Jahren konnte Cäsar sich durchsetzen.
Die Ausgangslage: Ende des Triumvirats
Crassus war schon 53 v. Chr. bei einem Feldzug in Persien ums Leben gekommen. Pompeius aber war 52. v. Chr. zum Konsul gewählt worden und agierte nun gegen Cäsar. Er brachte den Senat hinter sich. Das Triumvirat existierte nicht mehr.
Cäsar überschreitet den Rubikon
Der Senat forderte Cäsar auf, sein Heer zu entlassen und zurückzukehren. Cäsar aber überschritt mit seinen Soldaten den Rubikon, den damaligen Grenzfluss zwischen Gallia Cisalpina und Italien. Er marschierte also bewaffnet Richtung Rom - das war wie eine Kriegserklärung gegen den Senat.
Pompeius gegen Cäsar
Pompeius sollte Rom verteidigen, musste aber nach Griechenland ausweichen, während Cäsar ohne großen Widerstand voran marschierte. In den folgenden Jahren nahm der Bürgerkrieg zwischen Cäsar und Pompeius seinen Lauf.
Cäsar schlug Pompeius' Legionen in Spanien, es kam zu mehreren Schlachten in Griechenland, die ebenfalls zugunsten von Cäsar ausgingen. 48 v. Chr. wurde er erneut zum Konsul gewählt.
Cäsars Sieg und Bekanntschaft mit Kleopatra
Pompeius aber floh nach Ägypten und wurde auf Befehl des Königs Ptolemaios XIII. ermordet. Cäsar war ebenfalls nach Ägypten gekommen und lernte dort nun des Königs Schwester, Kleopatra, kennen.
Cäsar wurde in den Streit zwischen Kleopatra und Ptolemaios hineingezogen. Er ergriff Kleopatras Partei und kämpfte im Alexandrinischen Krieg (48-47 v. Chr.) schließlich erfolgreich gegen Ptolemaios und dessen General Achillas.
In den nächsten Jahren kämpfte Cäsar gegen die übrigen Anhänger des Pompeius. Am 17. März 45 v. Chr. fand die letzte Schlacht statt. In Südspanien schlug er die Söhne des Pompeius und kehrte als Alleinherrscher nach Rom zurück.